Сюжет развивается в ближайшем будущем в Токио. Террористическая организация объявила войну всему миру. Она владеет более продвинутыми технологиями, чем любые правительства и оккупировала более половины планеты. Доктор Козабуро Намбу из Международной научной организации собирает вместе пять супергероев ниндзя, известных под общим названием «Гатчамен», чтобы остановить эту организацию...

Будущее.. Человечество пережило ужас ядерной катастрофы. Земля, превращенная в бесплодную пустыню, медленно умирает. В мире царят насилие и жестокость. Последствия радиации повлекли за собой неизлечимые болезни, породившие мутантов. На безжизненных просторах свой страшный порядок насаждают Полководцы. Они грабят, насилуют и убивают.